上海交通大学校史博物馆建于1996年，是高校中成立最早的校史博物馆之一。1996年被上海市人民政府授予“青少年教育基地”、2003年又被授予“上海市爱国主义教育基地”。校史博物馆2016年进行改陈。改成后展厅面积约500平米，充分利用老建筑的结构特征，将展馆巧妙地分成两个主题展厅。第一展厅为校史基本陈列，从“肇基南洋”“东方MIT”“弦歌不辍”“服务大局”“建设一流”五个部分凸显学校120年的发展历史；第二展厅为专题展厅，分为“海上翘楚”“交大之光”“大学精神”三个主题分别再现学校知名的校友，以及他们在各行各业所作出的贡献。为进一步集中展示学校近年来的发展成就，2010年，学校在闵行校区建成了面积近1000平米的专题馆，作为校史博物馆的今日延续。2016年，为庆祝上海交通大学120周年校庆，学校对闵行专题馆进行了改造。校史博物馆开馆以来，学校依托校史博物馆，徐汇校园革命历史建筑、纪念碑，以及董浩云航运博物馆、闵行专题馆等，形成相互协同联动、多馆并存互补的爱国主义教育体系。