上海昆虫博物馆隶属中国科学院上海生命科学研究院。其前身是法国神父韩伯禄（P. Heude）1868年筹建的上海震旦博物馆(Musee Heude)昆虫部，1883年在徐家汇建成，后因标本众多，无法储藏，于1930年在吕班路（今重庆南路）兴建新的震旦博物院。当时储藏中国所产的动植物标本为远东第一，有“亚洲的大英博物馆”之美称。1953年归属中国科学院上海昆虫研究所，2001年并入中国科学院生命科学研究院植物生理生态研究所。

2002年组建上海昆虫博物馆，由上海市科学技术委员会和院、所共同投资2000万元专项资金建成新馆和展览部。

经过100多年的创业和发展，现收藏全国各地昆虫标本100多万号，保藏着一大批濒危珍稀昆虫标本及国际和国内的危险性检疫害虫标本，是我国大型的专业昆虫馆。学术带头人有尹文英院士和一批知名教授、研究员。